خبرها از شهر القطیف، واقع در شرق عربستان حاکی از آن است که مسؤولان سعودی از بیم حمله به نیروهای امنیتی و نظامی، نیروهای خود را از اماکن عمومی خارج کرده و مقرهای نظامی خالی شده است.
كاربران شبكه‌های اجتماعی عربستانی به خصوص شيعيان اين كشور و ساير كشورهای همسايه نیز از احتمال وقوع يک قيام بزرگ در القطیف و العوامیه در پی شهادت شیخ نمر خبر می‌دهند.

 واکنش ایران به حکم شیخ نمر
سخنگوی وزارت خارجه کشورمان با محکوم کردن اعدام آیت‌الله باقر نمر گفت: اعدام شیخ نمر تنها عمق بی‌تدبیری و بی‌مسؤولیتی را نشان می‌دهد و دولت ریاض تاوان سختی خواهد پرداخت.
در همین حال محسن رضایی در صفحه توئیتر خود نوشت تسویه حساب مذهبی بدست وهابیان و آل سعود زشت‌ترین نسل کشی تاریخ است که در حال وقوع است و نوعی جنون مشابه هیتلر و مغول به دست تکفیری‌ها و اربابان آنها دست داده است.

 واکنش مراجع و علما
این رخداد ناگوار موجی از واکنش‌ها را در میان علما و مراجع شیعه و حوزه‌های علمیه نیز به دنبال داشته است.
مراجع عظام تقلید با صدور پیام‌های جداگانه‌ای ضمن محکوم کردن این جنایت فجیع با اعلام تعطیلی دروس خود همه علمای جهان اسلام را به چاره اندیشی برای ریشه‌کن کردن تکفیر که پایگاه اصلی آن آل سعود است فرا خواندند.
حجة الاسلام طیب حسینی مدیر روابط عمومی حوزه‌های علمیه سراسر کشور گفت: حوزه‌های علمیه کشور در اعتراض به اعدام شیخ نمر روز یکشنبه  تعطیل خواهند بود.
وی افزود: تجمع اعتراض آمیزی امروز یکشنبه در صحن مدرسه فیضیه و با حضور مراجع، علما و اساتید حوزه برگزار می‌شود.
آیت‌الله نوری همدانی از مراجع عظام تقلید با اشاره به اعدام آیت‌الله باقر النمر توسط رژیم سعودی گفت: اجرای این حکم ظالمانه با وجود اعتراضات فراوان مسلمانان جهان، دهن‌کجی به جهان اسلام است.
آیت‌الله صافی گلپایگانی نیز با اشاره به اعدام شیخ نمر تاکید کرد: آل سعود با اعدام شیخ نمر راه سقوط خود را هموار کرد.
آیت‌الله مکارم شیرازی هم با محکومیت این جنایت آل‌سعود تصریح کرد: جهان اسلام انتقام شیخ نمر را می‌گیرد.
آیت‌الله خاتمی امام جمعه موقت تهران نیز در این باره اظهار داشت: شیعیان عربستان با اعدام شیخ نمر، روز آل‌سعود را به شام سیاه تبدیل می‌کنند.
آیت‌الله عباس کعبی عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم هم در واکنش به اعدام شیخ نمر تاکید کرد: حرکت بیداری اسلامی علیه آمریکا، رژیم صهیونیستی و آل سعود سرکوب‌شدنی نیست و اعدام شیخ نمر نشانه استیصال و درماندگی آل سعود است.
مولوی عبدالحمید امام جمعه اهل سنت زاهدان نیز با اعلام تأثر از اعدام شیخ نمر گفت: مصالح عالم اسلام اقتضا می‌کرد مسؤولان سعودی از این اقدام صرف نظر می‌کردند!
مولوی سلامی نماینده مردم سیستان و بلوچستان در مجلس خبرگان رهبری گفت: اجرای حکم اعدام روحانی شیخ نمر مبارز شیعه عربستانی منافی با موازین بین‌المللی و اسلامی و آداب و رسوم دموکراسی بود.
امام جمعه اهل سنت پیرانشهر هم ضمن محکوم کردن اعدام شیخ نمر گفت: اعدام شیخ نمر موجب نفرت جهان اسلام از آل سعود می‌شود.

 واکنش‌های جهانی به اعدام شیخ نمر
مجلس اعلی اسلامی عراق نیز اعدام شیخ نمر را محکوم کرد.
به گزارش پرس تی‌وی سلیم شوقی از نمایندگان این حزب، رژیم سعودی را رژیمی سرکوبگر و دیکتاتور خواند و بازداشت و محاکمه شیخ نمر را اقدامی فرقه گرایانه و اعدام او را مایه ننگ آل سعود توصیف کرد.
جنبش انصارالله یمن نیز با انتقاد از «محاکمه نمایشی» شیخ نمر اعدام وی را محکوم کرد.
اعدام شیخ نمر در بحرین نیز موجی از اعتراض و تظاهرات را در پی داشت.
پایگاه خبری صوت الثوره از برپایی تظاهراتی در بحرین در محکومیت اعدام شیخ نمر خبر داد و اعلام کرد ماموران امنیتی بحرینی به سوی معترضان گاز اشک آور شلیک کردند.
حزب مجلس اسلامی شیعی اعلای لبنان هم اعدام این روحانی برجسته شیعی را محکوم کرد و آن را «خطایی فاحش» خواند.
سیدشفقت شیرازی، رئیس مجمع وحدت مسلمانان در پاکستان نیز با محکوم کردن اعدام شیخ نمر، این اقدام عربستان را تلاشی برای برانگیختن عواطف میلیون‌ها مسلمان توصیف کرد و گفت: عربستان در آستانه سقوط قرار گرفت. سارا ویتسون، مدیر بخش خاورمیانه دیده‌بان حقوق بشر هم در پی اعدام شیخ النمر و 46 زندانی دیگر در عربستان سعودی اظهار داشت: اعدام زندانیان به صورت دسته‌جمعی توسط عربستان سعودی، سابقه حقوق بشر را در این کشور لکه‌دار کرده است.